Из того, о чём успел упомянуть в рамках прошедшей лекции:

PERT:

• http://ru.wikipedia.org/wiki/PERT
• хотя статья в англоязычной вики более детальная: http://en.wikipedia.org/wiki/Program_Evaluation_and_Review_Technique

XP (экстремальное программирование):

• http://lib.rus.ec/b/101297 - книга Кента Бека с описанием методики

Scrum:

• Книга Бориса Вольфсона "Гибкие методологии разработки" - в соответствии с названием, сказано не только о фреймворке Scrum, но и вкратце о разных гибких методологиях.

Подробно не затрагивал, на самостоятельное ознакомление:

MSF (Microsoft Solutions Framework):

• http://ru.wikipedia.org/wiki/Microsoft_Solutions_Framework
• http://blog-of-roman.blogspot.com/2008/07/msf.html

RUP (Rational Unified Process): http://ru.wikipedia.org/wiki/Rational_Unified_Process

Отдельно, популярный хостинг для проектов (контроль версий, вики, issue tracking, и т.п.):

• https://github.com/ - бесплатен для opensource
• https://bitbucket.org/ - бесплатен для личных проектов и маленьких команд (до 5 участников), не обязательно opensource